SIMULASI EFEKTIVITAS SENYAWA OBAT ERITROMISIN F DAN Δ^6,7 ANHIDROERITROMISIN F DALAM LAMBUNG MENGGUNAKAN METODE SEMIEMPIRIS AUSTIN MODEL 1 (AM1)

Pembuatan senyawa awal
Untuk  melakukan  penelitian  ini  dibutuhkan  struktur  3  dimensi  dari  senyawa  eritromisin  F dan  Δ^6,7anhidro-eritromisin  F  dengan  bentuk  serta  konfigurasi  yang  tepat.  Struktur  dasar eritromisin  F  diambil  dari  internet  (http://www.rcsb.org/pdb/)  dalam  bentuk  Protein  Data  Bank (*.pdb).  Struktur  tersebut  kemudian  disimpan  dalam  bentuk  *.hin  dan  selanjutnya  digunakan sebagai senyawa awal pada penelitian ini.
Optimasi geometri
Sebelum  dilakukan  optimasi  geometri,  perangkat  lunak  HyperChem  diatur  terlebih  dahulu menggunakan  metode  perhitungan  Semiempiris  AM1  melalui  menu  Setup.  Selanjutnya  dipilih Menu  Compute,  Geometry  Optimization  dan  kemudian  diklik  OK.  Setiap  akan  melakukan perhitungan  apapun  dibuat  log  files  untuk  mencatat  proses  yang  terjadi.  Optimasi  geometri dilakukan  untuk  memperoleh  struktur  yang  paling  stabil  dari  senyawa  eritromisin  F  dan Δ^6,7anhidroeritromisin F.
Analisa struktur seyawa obat 
Untuk  melakukan  analisis  struktur  senyawa  eritromisin  F  dan  Δ^6,7 anhidro-eritromisin  F dibutuhkan  data  energi  log  files  yang  telah  diperoleh  dari  hasil  optimasi  geometri.  Selanjutnya dicari panjang ikatan, sudut, serta momen dipol dari beberapa atom pada kedua senyawa tersebut. Mengacu pada data yang diperoleh, dilakukan analisis untuk mencari sifat-sifat struktur senyawa tersebut.
Mekanisme dekomposisi eritromisin F
Mekanisme reaksi dekomposisi senyawa eritromisin F dapat diprediksi dengan menghitung energi  ikat  dari  senyawa  obat  tersebut  dan  senyawa-senyawa  turunan  yang  mungkin  terjadi. Senyawa  turunan  tersebut  dirancang  dengan  berpedoman  pada  struktur  awal  eritromisin  F  yang telah  diperoleh  dari  langkah  sebelumnya.  Senyawa  dengan  energi  paling  rendah  dipilih  sebagai senyawa yang dipakai pada rancangan jalur mekanisme dekomposisi. Pemilihan senyawa dengan energi terendah berdasar pada kestabilannya diantara yang lain.
Mekanisme dekomposisi Δ^6,7anhidro-eritromisin F
Mekanisme reaksi dekomposisi senyawa Δ^6,7 anhidroeritromisin  F  dapat  diprediksi  dengan cara  yang  sama,  yaitu  menghitung  energi  ikat  dari  masing-masing  senyawa  obat  beserta turunannya.  Senyawa  turunan  tersebut  juga  dirancang  dengan  berpedoman  pada  struktur  awal Δ^6,7anhidroeritromisin  F  yang  telah  ada.  Senyawa  dengan  energi  terendah  dipilih  untuk dimasukkan  dalam  jalur  mekanisme  reaksi  dekomposisi  sehingga  didapatkan  mekanisme  yang benar.

jika ingin mengetahui lebih lanjut tentang jurnal ini silahkan kunjungi sumber yang ada di bawah ini...
Sumber : http://journal.unnes.ac.id/index.php/sainteknol/article/download/343/326